Náklady na výstavbu a dlhodobé{0}}prevádzkové náklady kontajnerových domov boli vždy hlavným problémom. Výskumníci prostredníctvom komplexných výpočtov celkových nákladov na rôzne izolačné materiály počas celej ich životnosti odhalili niekoľko zaujímavých javov: hoci sú vo vysokých-nadmorských výškach potrebné hrubšie izolačné vrstvy, nemusí to nevyhnutne znamenať vyššiu nákladovú-efektívnosť. Niektoré špičkové{5}}izolačné materiály (ako sú aerogélové vákuové panely) sa napriek ich vynikajúcemu izolačnému výkonu ťažko široko používajú kvôli ich vysokej cene.
Je pozoruhodné, že optimalizácia návrhu pomocou vedeckých výpočtových metód môže nielen znížiť počiatočné náklady na výstavbu, ale aj výrazne znížiť následné výdavky na spotrebu energie. Tento holistický prístup optimalizácie robí kontajnerové domy konkurencieschopnejšími z hľadiska nákladov-efektívnosti a poskytuje silnú podporu pre ich široké prijatie. Tieto zistenia poskytujú praktické referencie pre ekonomický návrh kontajnerových domov-pri zohľadnení počiatočnej investície a starostlivého výpočtu dlhodobých-prevádzkových nákladov.
